税理士法人
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牛にかかわる税金計算をするときに「肉免（にくめん）」という言葉をよく聞きます。

「肉用牛売却所得の免税特例」を略して肉免と言ったりしますが、肉用牛の売却で出た利益には課税しないという制度です。

概要で分かりやすいページはこちらかと思い、
http://www.chikusankyokai.or.jp/beef-cattle/tax-free/

一頭当たりでマイナスが出たらそれはプラスと相殺しないといけないという内容がこちらです。http://www.jlda.or.jp/image/pdf/nogyokeisan.pdf

基本的に一頭当たりで計算をしないといけませんので、期中から一頭当たりの管理をExcel等で集計しておきます。

Nosaiさんなどで年に一回在庫牛の集計をしますのでそれを頂いて仕入金額を入れてから原価計算をする時もあります。

所得税の場合は税務署の方でも簡易的に売上按分で一括で対象肉用牛売却所得を計算する時もあります。

このような制度があるのも肉用牛畜産業が経営的に大変だからこそでしょうし、仕入金額が高止まりしている
現状ではこれからも残っていく制度ではないかと考えられます。